A Conferência reúne, normalmente, com periodicidade bienal, em sessão ordinária. No período que decorre entre as sessões ordinárias poderão realizar-se sessões extraordinárias.

A Presidência da Conferência é assegurada pelos países integrantes segundo a respectiva ordem alfabética.

De 1995 a 1997, Angola assumiu a Presidência. Após a realização da primeira sessão ordinária, na cidade do Recife, em Dezembro de 1997, o Brasil passou a assumir a Presidência. Com a realização da segunda sessão ordinária na cidade do Mindelo, em Outubro de 1999, Cabo Verde passou a ocupar a Presidência. Esta situação prolongou-se até 2005, quando Portugal passou a exercer a Presidência, trocando de lugar com a Guiné-Bissau, a pedido desta e com o acordo de todos os restantes países integrantes. A Presidência portuguesa iniciou-se após a realização da primeira sessão extraordinária da Conferência, em Lisboa, em Janeiro de 2005.

Em Março de 2008, realizou-se a terceira sessão ordinária da Conferência, em Maputo, em que Moçambique assumiu a Presidência. A próxima sessão estava prevista para o primeiro semestre de 2010, na Guiné-Bissau, mas, até ao momento, ainda não se realizou.

Foi criado um Secretariado Permanente, com sede em Lisboa, na Direção-Geral de Recursos Naturais, Segurança e Serviços Marítimos, como orgão de apoio à Conferência. Este Secretariado tem um delegado nacional em cada país integrante, e, eventualmente, um delegado nacional adjunto, tendo, o delegado do país-sede (Portugal), especiais funções de dinamização na execução dos projectos aprovados pela Conferência, em colaboração com a Presidência.

A cada país cabe a responsabilidade pelos encargos relativos à respectiva participação nos trabalhos da Conferência.